Die Ausweisung eines Wasserschutzgebietes kann auch Auswirkungen auf die Landwirtschaft haben. Für Einschränkungen bei der ordnungsgemäßen land- und forstwirtschaftlichen Bodennutzung steht den Landwirten jedoch gemäß § 19 des Wasserhaushaltsgesetzes (WHG) ein finanzieller Ausgleich zu. Um Einvernehmen zu erzielen, bietet der WFW den Landwirten freiwillige Kooperationsvereinbarungen an. Darin verpflichten sich die Landwirte, ihre Flächen grundwasserschonend zu bewirtschaften. Wenn sich der Landwirt an die vertraglichen Auflagen hält, wird der Mehraufwand vom WFW finanziell vergütet. Deshalb kontrolliert ein Agraringenieur des WFW z. B. die Ackerschlagkarteien und lässt regelmäßig die Böden stichprobenartig auf Pflanzenschutzmittel und auf Nitrat untersuchen. Das Konzept der landwirtschaftlichen Kooperation wird seit vielen Jahren von den Landwirten gut angenommen. So sind z.B. im Wasserschutzgebiet Genderkingen ca. 64 % der landwirtschaftlichen Nutzfläche über solche Verträge gebunden.